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insideHPC特别报告:基因组学时代的HPC和AI(三)

2020-06-08 22:12来源:中国存储网
导读:HPC生命科学的Ready解决方案旨在缩短生产时间,通过专门设计的解决方案提高性能,并通过模块化构建块实现容量和性能的轻松扩展。

上接第二部分:insideHPC特别报告:基因组学时代的HPC和AI(二)

挑战性

广泛采用会阻碍个性化医学工作流程的技术以及此类系统的实施都面临着许多挑战。

知觉

存在这样一种看法,即基因组分析只能在数百个节点上或由昂贵的超级计算机完成。但是,由领先的供应商(例如Dell Technologies)的专家设计的,包含正确的硬件和软件的优化系统可以将基因组学分析带给广泛的研究人员和用户。在许多情况下,IT部门希望立即获得ROI,或者将快速查看计算/存储集群的利用率。但是,有可能从小处着手,并随着需求的增长而增长。仔细计划此扩展,可以逐步添加服务器和存储。

小用例的投资回报率

除了从小型系统开始并随着需求增长而增长的挑战之外,小型组织可能没有人员来研究多种选择或实施逐项购买的途径。由于担心IT未知,他们可能会辞职而不使用升级技术。但是,如果提供的交钥匙解决方案只需要很少的IT专业知识,部门或较小的公司就可以利用当前和将来的技术。

符合FDA

用于治疗和诊断患者疾病的设备需要获得FDA的批准(符合性)。临床用途必须承受安全期。但是,FDA已制定了许多与患者健康相关的法规和安全保证,例如与用于促进患者健康的实验室仪器,器具和技术一起使用时的认证。这些安全检查可能令人生畏,因此需要与经验丰富的供应商服务团队合作。

安全

患者数据显然非常有价值,必须加以保护。基因组学领域也不例外。实际上,为患者健康记录数据提供安全性甚至更为重要。必须使用特殊的工具,过程和产品来保护患者数据,并且必须符合联邦要求。

临床实践

使用电子病历和影像档案的临床医生必须遵守程序和规程,以遵守《健康保险携带和责任法案》(HIPAA)和最佳做法。这些实践包括与专家和专家的各种协商,这些协商可能是也可能不是现有IT基础结构的一部分。由于这些记录可以帮助进行治疗或诊断,因此它们必须准确且对涉及患者治疗的患者迅速可用。

数据管理

必须在基因组解决方案中管理大量数据。单个基因组大约为200GB至300GB。即使数据仅由四个字母组成,并且以TGAC为基础,但一个人中大约有30亿个这些核苷酸碱基。来自定序器的数据是非常大的数据文件,必须对其进行访问,分析,存储和操作。分析基因组会增加对附近存储,临时存储,档案存储和网络带宽的需求。

英国国家卫生局

在英国,卡迪夫大学和英国国家卫生服务(NHS)团队正在共同努力,以利用HPC系统的先进成果来转变公共卫生和个性化医学。大学与组织之间合作的重要方面之一是,更多的研究人员和科学家可以访问HPC资源。来自各个学科的团队,以及来自基因组学,生物信息学和HPC的专家,可以共同努力抗击传染病并实现个性化医疗保健。

在这种情况下,超过1,000个用户可以使用软件,工具和硬件进行研究。这已导致将近10,000个基因组被解码,从而可能治疗多种疾病,例如结核病。团队还致力于与人际交往一样,如何使用AI为心血管疾病患者提供准确可靠的预后。这比单独的人类能够更快,更准确地确定疾病和结果。

MRC CLIMB –用于医学研究理事会(MRC)的微生物生物信息学云基础设施(CLIMB)项目为英国的学术微生物学家提供了微生物生物信息学的领先网络基础设施,包括基于云的计算,存储和分析工具。作为COVID-19工作的一部分(2020年春季),卡迪夫大学和威尔士公共卫生部(PHW)共同努力,通过对患者基因组进行测序来追踪COVID-19在英国的传播。阅读更多。

俄勒冈州立大学

俄勒冈州立大学(OSU)是一所国际性的公共研究型大学,吸引了来自50个州和100多个国家/地区的人们。OSU基因组研究和生物计算中心(CGRB)研究人员一直在寻求科学发现。

CGRB促进了OSU和整个州的生命和环境科学领域中以基因组为基础和数据驱动的研究。

CGRB对其计算基础架构提出了巨大需求,并拥有带有AMD EPYC处理器的Dell EMC PowerEdge服务器。CGRB使用其基于AMD的PowerEdge系统进行广泛的研究应用,从量子力学模拟和涉及基因表达和超基因组学的工作量到热带森林物种多样性的研究。

基因组中心生物计算助理总监克里斯托弗·沙利文(Christopher Sullivan)表示:“我们测试每个硬件,无论您是否相信,戴尔EMC都是唯一可以承受我们在这些设备上进行的工作类型的服务器。” OSU研究与生物计算。

圣地亚哥超级计算机中心

圣地亚哥超级计算机中心(SDSC)是一个多学科的计算设施,可满足众多研究人员的需求。随着计算需求的不断增加,SDSC必须不断升级其系统。Petaflops必须持续可靠地交付给需要这种计算能力的研究人员。SDSC的最新系统名为“ Expanse”,包含93,000个计算内核,旨在为来自美国各地的50,000多名学术和行业研究人员提供服务。

SDSC副总监Shawn Strande表示:“从系统的共同设计开始,SDSC和Dell EMC就与Comet建立了很好的合作关系。” “对于Expanse,我们与Comet一起使用的团队是一个由工程师和应用专家组成的专家组,他们真正了解工作量并分享我们的设计理念。”

适用于生命科学的Dell EMC Ready解决方案

为HPC和AI开发的技术正在迅速发展,以服务于许多需要这种计算性能的学科。戴尔技术公司一直是为医疗保健和生命科学行业提供最新解决方案的领导者。除了提供基于AMD®EPYC™处理器的高级PowerEdge服务器外,戴尔技术公司还有专家在场与您一起设计和实施当今行业中一些最先进的工作流程。

戴尔技术公司已经创建了一系列就绪解决方案,这些解决方案经过高度优化和调整,可用于各种行业。HPC生命科学的Ready解决方案旨在缩短生产时间,通过专门设计的解决方案提高性能,并通过模块化构建块实现容量和性能的轻松扩展。HPC Life Sciences的就绪解决方案可加快系统设计和部署,使组织迅速提高生产力。

借助针对生命科学的Dell EMC Ready解决方案,组织可以从小规模开始发展,以满足研究人员和科学家不断增长的需求。由于整个基础架构旨在发展,因此很容易添加更多的计算或存储容量。使用Dell Technologies的系统,从第一天开始就支持群集。戴尔技术专家可以为您提供可满足您持续需求的可扩展解决方案。

戴尔技术独特地提供了广泛的技术组合,可提供支持成功的数据分析和AI实施的高级计算解决方案。

凭借广泛的产品组合,多年的经验以及由精选的技术和服务合作伙伴组成的生态系统,Dell Technologies提供了创新的解决方案,工作站,服务器,网络,存储和服务,这些解决方案可降低复杂性并使您能够利用数据分析,HPC和AI。

适用于HPC生命科学的Dell EMC Ready解决方案可以从带有AMD EPYC 7000系列处理器的PowerEdge服务器开始。可以轻松添加服务器加速器,以显着提高某些应用程序的性能。包括高性能网络以及用于提高I / O性能的并行文件系统。了解有关Dell EMC生命科学就绪解决方案的更多信息。

此外,戴尔技术HPC和AI创新实验室团队保持领先地位,测试新技术以及调整算法和应用程序,以帮助客户跟上不断发展的形势。这个由行业和技术专家组成的团队可以通过缩短设计周期和配置时间来帮助客户更快地获得结果。而且,您可以
在Dell Technologies全球客户解决方案中心之一中进行带有概念验证的远程测试。

摘要

IDC的研究表明,戴尔技术公司在服务器供应方面既是收入方面,又是销售数量方面处于世界领先地位。戴尔技术有限公司是可信赖的合作伙伴,可满足您对生命科学行业各个方面的最苛刻的IT需求。从基因组学到计算化学,Dell Technologies拥有丰富的经验和专家,可以帮助领先的组织实施和扩展其高性能计算系统。您可以从小处着手,并根据需要成长。戴尔技术公司创建了优化的解决方案来满足这些需求,并且始终可以为您解决最棘手的HPC和AI挑战。

下载完整的InsideHPC特别报告:Dell Technologies提供的基因组学时代的HPC和AI

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关键词 :
HPC AI
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