2015-12-08 15:59:41
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方法1 在Ubuntu软件中心搜索 r-base 直接安装 或者 添加源,然后通过apt-get安装: sudo apt-get install r-base 方法2 下载R的源码包(http://www.r-project.org/),比如:R-2.13.0.tar.gz 解压: tar -zvxf R-2.13.0.tar.gz 配置: cd R-2.13.0 ./configu

方法1

在Ubuntu软件中心搜索 r-base 直接安装

或者

添加源,然后通过apt-get安装:

sudo apt-get install r-base

方法2

下载R的源码包(http://www.r-project.org/),比如:R-2.13.0.tar.gz

解压:

tar -zvxf R-2.13.0.tar.gz 

配置:

cd R-2.13.0 
./configure --prefix=/home/xxx/R --enable-R-shlib  

prefix设置R的安装路径,enable-R-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享

一旦提示G77错误

sudo apt-get install build-essential 
sudo apt-get install gfortran 

一旦提示错误:configure:error:--with-readline=yes(default)...

sudo apt-get install libreadline6-dev 

一旦提示错误:configure:error:--with-x=yes(default) and X11...

sudo apt-get install libxt-dev 

安装:

make 
make install 

link到bin目录下:

cd /bin 
sudo ln -sv /home/xxx/R/bin/R 

至此安装完毕。

安装pkg:

终端下输入:R

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite() 

默认将安装一下几个包

affy affydata affyPLM

annaffy annotate Biobase

Biostrings DynDoc gcrma

genefilter geneplotter hgu95av2

limma marray matchprobes

multtest ROC vsn

xtable affyQCReport

一旦需要Bioconductor上别的包的话,可以使用

biocLite(c("pkg1", "pkg2"))

如:

biocLite(c("copula", "pspline")) 

安装CRAN上的包

install.packages(c("pkg1", "pkg2")) 

来安装(pkg1和pkg2为需要安装的包)。

编辑器:

1.直接shell。终端输入R,就进入R命令行了。
2.安装GUI:Rcmdr

sudo apt-get install r-cran-rodbc 
sudo apt-get install r-cran-rcmdr 

运行R后,library(Rcmdr)就可以打开图形界面。

3.用emacs

通过软件中心搜索emacs ess直接安装。打开emacs
M-x R

输入R的路径,就进入R编辑模式了。

emacs中可以用接下来三条指令把正在编辑的程序文本送给R运行:
C-c C-n 当前行
C-c C-c 当前段
C-c C-b 当前整个文件

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